Negi ne sait plus vraiment quoi faire face aux cristaux d’étoile et à leurs fées menaçantes, et craint pour la vie de ses élèves. Il demande l’aide d’Evangeline pour devenir plus fort et elle fait donc de lui son disciple. L’entraînement qu’il reçoit lui permet de faire rapidement des progrès, mais c’est surtout grâce à l’aide d’Asuna, de Konoka et de Setsuna qu’il découvre enfin la vérité. Les cristaux sont, en fait, le catalyseur des sentiments négatifs d’une certaine personne que notre jeune professeur connaît bien.
Projet étonnant, negima!? Neo voit Ken Akamatsu abandonner la plume pour la confier à un nouveau venu, Takuya Fujima, qui nous propose ici un manga au style graphique très proche de celui Du maître, mais plus épuré, et proposant un character design volontairement enfantin, comme pour mieux faire ressortir l’innocence des personnages. Un manga qui nous fait profiter d'un scénario directement inspiré en tout cas dans un premier temps de l'animé Shin Negima avant de bifurquer vers sa propre mythologie.
Fujimaru est embarqué malgré lui dans le plan "Bloody Monday", un complot terroriste orchestré dans l’ombre par le mystérieux "K«. Grâce aux conseils d’Otoya, Fujimaru parvient à démasquer Maya et réussit à la capturer. Conduite au bureau du "THIRD-i", elle est soumise à un interrogatoire. Pendant ce temps, Fujimaru s’attèle au déchiffrement des deux fichiers que lui a remis son père et découvre une étrange similitude qui rapproche l’affaire actuelle d’une autre survenue deux ans plus tôt.
Menace terroriste, virus meurtrier capable de décimer des populations entières, guerre informatique... Bloody Monday tient du thriller moderne, et fait penser à certaines séries TV aux enjeux planétaires et au rythme haletant.